ישראייר נוסדה בשנת 1996 בזכות החלטת הממשלה לעודד את שוק חברות התעופה של ישראל. החברה היא חברת בת של "גנדן תיירות ותעופה" מקבוצת גנדן ושייכת לנוחי דנקנר. תחילה ישראייר הפעילה טיסות סדירות רק לאילת ולכן היתה בתחרות מול ארקיע. ב1998 ישראייר החלה להוציא טיסות בעיקר לטורקיה, יוון וקפריסין ומאוחר יותר החלה להוציא טיסות ליעדים באירופה. מאז שנת 2003 ישראייר מוציאה טיסות סדירות לסלובניה וללטביה. ב2004 החלה ישראייר להוציא טיסות שכר לניו-יורק, אירופה, מזרח אפריקה ומפעילה טיסות שכר לאמסטרדם, תל אביב, אילת, ברצלונה, פריז, לונדון, מינכן וברלין. בחודש מרץ ישראייר מתכננת לקבל את מטוס האיירבוס A330 אשר ישמש לטיסות לניו יורק. המטוס אמור להחליף את הבואינג 767-300 הישן. באיירבוס יהיו מסכים אישיים ובמחלקת הביזנס תהיה יכולת לחיבור מחשב נייד ורווחים של 49-50 אינץ' בין הכיסאות
נקודות ציון בהיסטוריה של ישראייר
אחד ממטוסי ישראייר מסוג 4X – ATX נחת נחיתת חירום בשנת 2002, לכל הנוסעים שלום. המטוס נהרס לחלוטין כאשר פינו אותו לאחר הנחיתה, הוא משמש כיום לאימונים של כוחות הביטחון בנמל התעופה בן גוריון.
מטוס של חברת ישראייר מסוג 767 היה מעורב בכמעט תאונה בנמל התעופה בניו יורק.
הדבר אירע כתוצאה מראות לקויה, תיקונים שנעשו בשדה ללא ידיעת הצוות. בגלל מזג האוויר הקשה נכנס הטייס למסלול המראה ובשנייה האחרונה הוא מנע אסון כשהבחין במטוס אמריקאי שבה מולו.
ישראייר – תעופה בתנופה
חברת ישראייר נמצאת תחת שליטתו של נוחי דנקנר מקבוצת גנדן. ישראייר כוללת את חטיבת התעופה וחטיבת תיירות, המשווקת את מוצריה תחת המותגים "נתור", "יוניטל" ו"יוסי טורס". היקף הפעילות של הקבוצה בשנת 2008 מוערך בכ- 1.5 מיליארד שקלים, כך על פי נתוני החברה.
מלבד טיסות הפנים לאילת, לצפון ומעל שמי הארץ, מפעילה ישראייר טיסות ליעדים רבים באירופה, ארצות הברית (נחיתה בניו יורק) וארצות המזרח.
לאחרונה פתחה ישראל קו סדיר למילאנו שבאיטליה. זהו הקו ה-12 הסדיר שמפעילה ישראייר. יתר הקווים הסדירים, שלחלקם עדיין לא מפעילה החברה את הטיסות, הם ניו יורק, לונדון, רומא, ליסבון, ברליסטובה ולובליאנה. לצורך הפעלת הקו לאיטליה מקיימת ישראייר שיתוף פעולה עם החברה האיטלקית קוד שייר.